Натхненнем для ўтварэння санктуарыя Маці Божай Фацімскай у Баранавічах стала аб’яўленне Найсвяцейшай Дзевы Марыі тром пастушкам у Партугаліі каля мястэчка Фаціма ў 1917 г. Пасланне гэтых аб’яўленняў Багародзіцы было асабліва скіраванае на тое, каб маліцца за народы Усходняй Еўропы. Таму заснаванне новай парафіі і пабудова касцёла ў 1994 г. ў новым “Паўночным” мікрараёне горада Баранавічы былі прысвечаныя Маці Божай.
Асаблівым імпульсам для развіцця санктуарыя стала сустрэча кардынала Казіміра Свёнтэка на пачатку 1990-х з манахіняй - сястрой Люцыяй – адной з трох дзяцей-пастушкоў, якім Маці Божая аб’явілася ў Фаціме. Тады ж адбылася знакамітая перэгрынацыя фацімскай фігуры Багародзіцы па ўсіх парафіях Беларусі.
Важным крокам у развіцці ўшанавання Маці Божай Фацімскай у Баранавічах стала абвяшчэнне мясцовага касцёла дыяцэзіяльным санктуарыем. Гэта адбылося ў сотую гадавіну фацімскіх аб’яўленняў Багародзіцы – 13 мая 2017 г. Гэты дзень адзначаецца штогод як галоўная ўрачыстасць у Баранавіцкім марыйным санктуарыі.